為了不使被測物質和雜質停留在凝膠色譜柱中，在每次的樣品分析工作完成之后，都應及時地清洗色譜柱。 首先要用對被測樣品洗脫能力強的溶劑來洗脫色譜柱，以分析工作中常用的反相色譜分析法為例，因其先流出的物質是極性大的物質，此時應用100%的甲醇或使用異丙純、四氫呋喃等極性稍弱的溶劑將吸附在柱內的極性小的物質洗脫下來，洗脫液的用量一般為柱體積的20倍即可。
如果流動相是緩沖溶液，則應先用蒸餾水來沖洗色譜柱，以沖掉柱內的鹽，然后再用合適的溶劑來沖洗。
凝膠濾過色譜法中所使用的凝膠色譜柱常用緩沖溶液做流動相，用完之后當然要用蒸餾水來沖洗。
如果是連續(xù)操作，可以將緩沖溶液置于柱內過夜，但最好是維持小流速(<0.5ml/min)以防止緩沖鹽的析出，如果流動相中含有鹵化物，即使是停一夜，也必須要用蒸餾水將色譜柱沖洗干凈，以防止它們對柱體的腐蝕。
下面讓我們來看看如何防止氣體進入凝膠色譜柱吧。
凝膠色譜柱是不允許氣泡進入的，否則將會使柱效降低甚至形成微小的難以驅除的氣室。因此，為了防止氣泡進入色譜柱，一定要使用經(jīng)過脫氣的流動相，并且要嚴格按照下列步驟來安裝色譜柱：
1、拆卸下色譜柱入口處的密封螺絲，觀察是否有溶劑滲出;
2、如有溶劑滲出，即可將色譜柱接到管路上，以避免氣泡的進入;
3、如無溶劑滲出時，表明色譜柱的此端已經(jīng)進去空氣了，此時，可將色譜柱的出口端接到進樣閥上，以流動相來反方向沖洗色譜柱，以便將柱內的空氣排除。最好以0.2ml/min的小流量來沖色譜柱，如果溶劑的流速太快或者是壓力突然的上升都將會導致柱性能的降低;
4、如果流出的溶劑里不含有氣泡，說明柱內的氣體已經(jīng)被排出了，再將色譜柱以正確的方向接好，這樣氣泡就進不到色譜柱里面了。
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